Nel dare vita al Patronato Sant'Antonio i fondatori, ancor prima di pensare a un Oratorio, intendevano realizzare una struttura nella quale procurare alloggio e assistenza ai giovani operai immigrati dalle campagne, privi di appoggio in Milano, orfani o aventi le famiglie lontane, nel corso degli anni sono poi stati ammessi anche studenti.

Avviato, in condizioni estremamente spartane nel 1916, il Pensionato vede una prima razionale sistemazione nel 1938, e nel 1949 con la ricostruzione post-bellica, viene notevolmente ampliato e dotato di migliori comfort e di ampi spazi, convenientemente attrezzati, dedicati allo studio e allo svago.

Con il pagamento di una retta mensile molto contenuta, vengono forniti al giovane: alloggio, prima colazione e cena (alla domenica, per chi non può raggiungere la famiglia, anche il pranzo).
Pur nel contesto degli standard adottati all'epoca per le comunità, don Eugenio esige che per il Pensionato siano sempre adottate le soluzioni migliori e più convenienti, sia per il rispetto alla dignità personale dei giovani ospitati sia per farli sentire parte integrante di una loro seconda famiglia.
Si prevedono quindi servizi adeguati ed efficienti, cucina modernamente attrezzata, infermeria, dormitori ben tenuti, aule di studio, disegno, lettura.
E per assicurare qualche ora di rilassamento, dopo una giornata di lavoro, prevede sale di intrattenimento e svago: ping-pong, biliardo, audizione radio (in seguito anche TV e proiettore cinematografico passo 16 mm), giochi vari.
All'esercizio e al buon andamento del Pensionato (cucina, pulizie, guardaroba, ecc.), che arriva a ospitare centocinquanta giovani, provvedono con il loro prezioso lavoro, svolto con grande umiltà e amore materno, le Suore della Congregazione "Suore della Famiglia del Sacro Cuore di Gesù", con Casa Generalizia a Brentana, frazione di Sulbiate, Milano, chiamate al Patronato da don Eugenio nel 1938 e, salvo il periodo di inattività per sinistro bellico, sempre presenti nell'Istituzione.
Gran parte dei giovani ospitati nel Pensionato, specialmente nel periodo anteguerra, ha frequentato solamente le classi elementari e ha lasciato la scuola per il lavoro.
Trovandosi a Milano, un certo numero di loro ne approfitta per continuare gli studi frequentando una delle tante scuole serali presenti in città.

Altri invece non frequentano alcuna scuola e questa condizione preoccupa don Eugenio a tal punto che nel 1939 decide di istituire, allo scopo di accrescere nei giovani il livello culturale tanto necessario per esercitare un qualsiasi mestiere, una scuola serale interna al Pensionato, resa obbligatoria per chi non frequenta le scuole serali regolari, con programmi riconducibili alle scuole professionali.
Naturalmente l'insegnamento serale è assicurato a titolo completamente gratuito.

Anche per i giovani del Pensionato don Eugenio organizza numerose occasioni di divertimento, particolari gite, gare nei diversi giochi e dal 1949 viene a loro data la possibilità di trascorrere gratuitamente una settimana alla casa di montagna del Passo Gavia.
Compito del Patronato è anche quello di assicurare la necessaria assistenza spirituale. A questo scopo, per lunghi anni, don Eugenio provvede a questo obbligo proponendo ai giovani l'esercizio delle comuni pratiche religiose di dottrina, di preghiera e di accostamento ai Sacramenti. E questo tipo di educazione, che ha formato la personalità e il carattere di tanti giovani, ha fatto breccia e plasmato anche l'anima di due tra loro che, ricevuto il seme della vocazione al Patronato, sono poi stati ordinati sacerdoti, don Carlo Vignali e don Antonio Longhi.