Autodidatta ancora adolescente, Eugenio impara in Seminario a suonare il pianoforte.
Dopo il pianoforte impara a suonare l'organo a canne e la sua bravura gli consente di suonare, ancora seminarista, l'organo del Duomo di Milano per un certo periodo di tempo.
Alla cattedrale conosce il celebre compositore don Lorenzo Perosi del quale, in alcune composizioni di don Eugenio, è possibile rilevarne l'influenza.
Il 7 Giugno 1931 nella chiesa dell'Oratorio viene inaugurato l'organo e viene benedetta, voluta e curata da don Eugenio, la Schola Cantorum alla quale, fino alla sua morte, si dedica intensamente e con grande competenza suonando l'organo, istruendo i cantori e a volte anche dirigendo le esecuzioni in occasione delle solennità liturgiche, di particolari ricorrenze e anche di concerti.
Negli anni, molte centinaia di ragazzi, giovani, Cooperatori ed ex allievi si avvicendano nell'attività della Schola Cantorum e don Eugenio, sempre con tanto entusiasmo, riesce a trasmettere in ognuno di loro l'espressione più viva e sincera del suo modo di elevare a Dio, con la musica e il canto, preghiere di particolare intensità.
Per la ricorrenza del XXX anniversario del suo sacerdozio, con parole attinte dal Vangelo e dallo Stabat Mater, compone "Le sette parole di Nostro Signore Gesù Cristo", per organo e coro a tre voci dispari, che vengono cantate per la prima volta (con settanta elementi, che diventeranno fino a centoventi negli anni successivi) nella chiesa Sacro Volto in occasione del Venerdì Santo 4 Aprile 1958.
La sua marcata e filiale devozione alla Madonna si rivela invece nel dolce canto “All'onor predestinata" composto, con parole e musica. Tra le principali composizioni musicali di don Eugenio sono da ricordare:
Dal 1963 al 1968 Don Eugenio si impegna in un'impresa che è considerata uno dei suoi capolavori: sotto la sua personale direzione all'organo originale a due corpi viene aggiunto un terzo organo (si arriva così ad ottenere un prezioso strumento con tremila canne!) con un lavoro completamente eseguito al Patronato da un esperto Maestro organaro. Parallelamente all'ampliamento dell'organo si procede al rifacimento della "consolle" principale e alla costruzione di una consolle gemella spostabile sul piano del1a chiesa.
Il 15 Dicembre 1968, con una serie di celebri composizioni per organo, il Maestro P. Ferrari inaugura ufficialmente il nuovo strumento che il 22 Dicembre successivo, con la ripetizione del concerto, viene benedetto da S. Ecc. Mons. Schiavini, Vescovo Ausiliare e Vicario della Diocesi Ambrosiana.